基于SNP标记的紫薇遗传多样性分析

编号 zgly0001712012

文献类型 期刊论文

文献题名 基于SNP标记的紫薇遗传多样性分析

作者 乔东亚  王鹏  王淑安  李林芳  高露璐  杨如同  汪庆  李亚 

作者单位 江苏省中国科学院植物研究所 

母体文献 南京林业大学学报(自然科学版 

年卷期 2020年04期

年份 2020 

分类号 S685.99 

关键词 紫薇属  SNP标记  遗传多样性  亲缘关系  聚类分析  遗传分化 

文摘内容 【目的】利用SNP标记对85份紫薇种质资源进行聚类分析,探究其遗传多样性,为紫薇品种选育和品种鉴定提供理论支持。【方法】以源于国内外的85份紫薇种质为材料进行简化基因组测序,采用Massarray技术筛选高质量的SNP标记,获得SNP分型数据。通过Power Marker V3.25对SNP分型数据进行遗传多样性分析,计算多态性信息含量(polymorphism content,PIC)、期望杂合度(expected heterozygosity)、基因多样性(gene diversity)、遗传相似系数(genetic similarity,GS)等;基于Nei’s 1972算法计算种质间遗传距离,通过MEGA 6.0构建NJ聚类图;同时根据堇、红、银、复色等4种花色对85份紫薇种质进行分群。利用Gen AIEx 6.5对聚类群和花色群进行遗传多样性分析和AMOVA分析,分别计算聚类群和花色群的遗传分化参数。【结果】根据测序结果筛选出21个高质量的SNP标记,这些标记在85份紫薇种质中的多态性信息含量为0.04～0.37,平均含量为0.33;期望杂合度变化范围为0.05～0.49,平均期望杂合度为0.25;遗传相似系数为0.24～0.95。通过聚类分析,将85份紫薇种质划分为7大类群。类群Ⅵ的等位基因数最高,为2.00个;类群Ⅶ的等位基因数最低,为1.33个;类群Ⅰ的期望杂合度和观望杂合度值最高,类群Ⅱ最低。根据花色分为4个群组,分别为堇薇群、红薇群、银薇群和复色群。堇薇群的等位基因数最高(2.00个),复色群最低(1.33个);银薇群期望杂合度和观测杂合度最高,复色群最低。【结论】85份紫薇种质资源遗传多样性丰富,不同类群间存在较高的基因流;SNP标记适用于紫薇遗传多样性分析及亲缘关系研究,可为紫薇种质资源利用提供参考。