偃松PpDIV1基因克隆及生物信息学分析

编号 zgly0001736820

文献类型 期刊论文

文献题名 偃松PpDIV1基因克隆及生物信息学分析

作者 王思瑶  于宏影  刘亭亭  刘洋  崔嵘  杨兰 

作者单位 国家林业和草原局哈尔滨林业机械研究所  中国林业科学研究院寒温带林业研究中心  黑龙江省疾病预防控制中心 

母体文献 温带林业研究 

年卷期 2021,4(3)

页码 38-43

年份 2021 

分类号 S791.24 

关键词 偃松  DIV  MYB  克隆 

文摘内容 【目的】挖掘偃松种子萌发过程关键基因,为揭示偃松种子难于萌发的生理学和遗传学机制提供理论依据,并为进一步进行偃松资源开发利用提供技术保障。【方法】利用偃松种子萌发RNA-Seq数据及加权基因共表达网络分析结果筛选偃松DIV基因并克隆,通过生物信息网站及软件对其进行生物信息学分析。【结果】从偃松种子中克隆1个响应种子萌发的DIVARICATA(DIV)基因,该基因属于MYB家族,此基因命名为PpDIV1,并对其进行生物信息学及表达特性分析。结果表明,该基因具有完整的开放读码框(ORF),ORF长885 bp,编码294个氨基酸。该基因编码的氨基酸序列与月季DIV蛋白(GenBankID:XP_024190861)相似度最高,可达66.13%。PpDIV1基因存在两个SANT超家族位点,分别为SWI3、ADA2、N-CoR和TFIIIB结合位点及MYB结合位点。根据实验室前期对种子不同萌发时期转录组的测序结果显示,PpDIV1基因在此过程中不断上调表达。【结论】PpDIV1为偃松MYB家族中的新基因,该基因的获得为进一步挖掘其在偃松种子萌发过程中的调控机制研究奠定了基础。