白及Aux/IAA基因的鉴定及分析

编号 zgly0001710840

文献类型 期刊论文

文献题名 白及Aux/IAA基因的鉴定及分析

作者 刘厚伯  李春  李林  上官艳妮  黄恻隐  刘怡  郑明辉  徐德林 

作者单位 遵义医科大学细胞生物学教研室  河南省农业科学院芝麻研究中心 

母体文献 植物资源与环境学报 

年卷期 2020年03期

年份 2020 

分类号 S567.239 

关键词 白及  Aux/IAA基因  基因鉴定  序列分析  系统发育分析 

文摘内容 基于白及[Bletilla striata(Thunb. ex A. Murray) Rchb. f.]的全转录组数据,采用生物信息学方法对白及Aux/IAA基因进行鉴定和序列分析,对白及Aux/IAA蛋白的一级和二级结构、基序、保守结构域、GO功能分类和KEGG富集结果进行分析,并对其与拟南芥[Arabidopsis thaliana(Linn.) Heynh.]和铁皮石斛(Dendrobium officinale Kimura et Migo)的Aux/IAA蛋白进行系统发育分析。结果表明:在白及的全转录组中共筛选出5个Aux/IAA基因,分别命名为BsAux/IAA1至BsAux/IAA5,开放阅读框(ORF)长度为492～2 739 bp。5个BsAux/IAA蛋白的氨基酸残基数为163～912,理论相对分子质量为18 172.97～101 442.89,理论等电点为pI 4.40至pI 11.51,亚细胞定位于细胞核中,二级结构以α-螺旋和无规则卷曲为主。5个BsAux/IAA蛋白共有DomainⅠ、DomainⅡ、DomainⅢ和DomainⅣ4个完整的保守结构域,依次对应保守基序motif9、motif3、motif2和motif1。5个BsAux/IAA蛋白的功能均包括细胞组分、生物学过程和分子功能3个大类,并参与植物激素信号转导通路。系统发育分析结果表明:5个BsAux/IAA蛋白均属于GroupⅠ亚家族,并进一步分成a和b 2个亚群,其中,BsAux/IAA3、BsAux/IAA4和BsAux/IAA5属于a亚群,BsAux/IAA1和BsAux/IAA2属于b亚群;并且,BsAux/IAA1、BsAux/IAA2、BsAux/IAA4和BsAux/IAA5与铁皮石斛Aux/IAA的亲缘关系较近。研究结果显示:白及Aux/IAA蛋白具有一定的保守性,可能在细胞核中发挥作用,并具有组织特异性、发育依赖性和非生物胁迫应答性。