卵菌与真菌Argonaute家族基因的生物信息学分析

编号 zgly0001693270

文献类型 期刊论文

文献题名 卵菌与真菌Argonaute家族基因的生物信息学分析

作者 李喻菲  林龙  宣铭润  冯慧  叶文武  王源超 

作者单位 南京农业大学植物保护学院 

母体文献 植物病理学报 

年卷期 2020年01期

年份 2020 

分类号 S432.1 

关键词 卵菌  真菌  Argonaute基因家族  RNA干扰  生物信息学 

文摘内容 Argonaute蛋白广泛存在于真核生物与原核生物中,可在非编码小RNA或DNA的引导下,对完全匹配或部分匹配的靶标进行切割、翻译抑制或染色体修饰。本研究利用生物信息学对127种卵菌与真菌的基因组进行分析,旨在了解各个物种中AGO家族基因的数量、蛋白结构域、进化关系及转录模式等。结果发现,大部分卵菌与真菌的基因组中(51%)含有2个AGO基因,而疫霉菌和壶菌等平均含有4个以上。卵菌与真菌的AGO基因在进化上相互独立,多拷贝AGO基因可能是通过基因复制形成;大部分AGO基因具有6个可预测的功能域(即:N端、Linker 1、PAZ、Linker 2、MID和PIWI),并且在PAZ和PIWI功能域上,与核酸5’和3’端结合及与催化活性相关的氨基酸位点整体相对保守,仅个别位点存在一定的差异。侵染大豆过程中,大豆疫霉和终极腐霉的两对同源AGO基因具有保守的表达模式,且基因表达水平相对较高,可能具有相似的生物学功能。上述结果将为深入解析AGO介导的RNA干扰机制及生物学功能奠定基础。