云锦杜鹃转录组分析

编号 zgly0001686323

文献类型 期刊论文

文献题名 云锦杜鹃转录组分析

作者 许蔷薇  楼雄珍  杨彬  林二培  童再康 

作者单位 浙江农林大学林业与生物技术学院  浙江农林大学省部共建亚热带森林培育国家重点实验室 

母体文献 浙江农林大学学报 

年卷期 2019年06期

年份 2019 

分类号 S685.21 

关键词 林木育种学  云锦杜鹃  转录组  基因注释  简单序列重复(SSR) 

文摘内容 云锦杜鹃Rhododendron fortunei具有很高的园艺观赏价值。由于缺乏相关的遗传信息,云锦杜鹃的多样性、分子辅助育种等工作进展较为缓慢。通过高通量测序技术(Illumina),对云锦杜鹃的转录组进行了测定和分析。通过测序拼接和去冗余共获得84 633条单基因簇(unigene)序列,平均长度为691.4 bp。通过与公共数据库比对成功注释到了35 526条单基因簇,其中与葡萄Vitis vinifera基因相似的序列最多。根据基因本体论数据库(GO)可将23 215个单基因簇归类于生物学过程、细胞组分及分子功能等三大类的55个功能组;真核直系同源基因数据库(KOG)将11 085条单基因簇分为26个功能分类,涉及一般功能预测的单基因簇最多,多达1 970条;以京都基因与基金组百科全书(KEGG)作为参考,依据代谢途径可将9 887个单基因簇定位到272个代谢通路。进一步分析基因注释结果,挖掘获得24个编码MADS-box基因的单基因簇分属于10个不同亚家族。此外,检测到了21 900个简单序列重复(SSR)位点,可用于SSR标记开发。图4表5参27