基于高通量测序的南酸枣转录组分析

编号 zgly0001634634

文献类型 期刊论文

文献题名 基于高通量测序的南酸枣转录组分析

作者 杨春霞  李康琴  丁伟  郑永杰 

作者单位 江西省林业科学院 

母体文献 分子植物育种 

年卷期 2018年06期

年份 2018 

分类号 S665.1 

关键词 南酸枣  转录组  高通量测序  基因注释 

文摘内容 以南酸枣雌株叶片和成熟果实为材料,利用Illumina Hi Seq TM 4 000测序平台对其转录组进行测序,共获得14.15 G有效数据,通过序列拼接组装得到46 936条Unigene,平均长度为1 287 bp。36 299条Unigene(77.33%)在7大数据库(NR,NT,KO,Swiss-Prot,PFAM,GO和KOG)中得到注释,其中与GO数据库比对上的26 014条Unigene可分为生物过程、细胞组分和分子功能3大类53分支,注释到KOG数据库中的8 459条Unigene依据功能可分为25类。与KEGG数据库比对,6 225条Unigene分属5大类246条代谢通路中。南酸枣叶片和果实转录组中共发现5 631个差异表达基因,包括1 930个上调基因和3 701个下调基因。本研究获得的转录组数据将有助于开展南酸枣功能基因挖掘与利用、分子辅助育种和其种质资源遗传改良等方面的研究。