冬瓜高通量转录组测序及分析

编号 zgly0001671653

文献类型 期刊论文

文献题名 冬瓜高通量转录组测序及分析

作者 叶新如  张前荣  陈敏氡  王彬  刘建汀  朱海生  温庆放 

作者单位 福建省农业科学院作物研究所 

母体文献 西北农林科技大学学报(自然科学版 

年卷期 2019年08期

年份 2019 

分类号 S642.3 

关键词 冬瓜  高通量测序  转录组  基因注释 

文摘内容 【目的】获得冬瓜转录组序列、遗传变异等信息,从中挖掘冬瓜基因数据及SSR分子标记,为冬瓜后续研究提供数据支撑。【方法】以冬瓜嫩叶为材料,利用Illumina HiSeqTM2000技术对冬瓜进行转录组测序,构建数据库从中获得干净序列。经De novo拼接组装后,将获得的单基因簇（Unigene）数据在非冗余蛋白数据库（nonredundant protein database,Nr）、蛋白质序列数据库（Swiss Prot protein database,Swiss Prot）、基因本体论数据库（gene ontology,GO）、蛋白质真核同源数据库（eukaryotic orthologous groups,KOG）、东京基因与基金组百科全书（Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG）、蛋白质家族域数据库（protein families database,Pfam）6个公共数据库中进行比对,最终得到冬瓜单基因簇注释信息。利用MISA软件对转录组单基因簇进行搜索,获得单基因簇中的SSR位点。【结果】从冬瓜嫩叶中得到62 021 032条高品质序列,组装后获得40 611条单基因簇,平均长度955 bp。将所有单基因簇在Nr和Swiss Prot数据库中进行比对,结果分别比对到27 474及19 573条单基因簇;在GO数据库中,所注释到的10 659条单基因簇分别匹配到生物功能、分子功能和细胞组分3个本体的47个功能组中;与KOG数据库进行注释比对,根据其功能将注释到的单基因簇划分为25类;KEGG数据库比对注释到10 799条冬瓜的单基因簇,可分为5个大类、19个亚类、125条代谢途径;在Pfam数据库中比对到17 990条单基因簇,分属于369个类群。SSR位点搜索发现,有5 086条单基因簇包含SSR序列,获得5 474个SSR位点。【结论】利用高通量测序获得大量冬瓜转录组信息,有助于从分子水平对冬瓜进行深入研究。