基于RNA-seq的西藏嵩草转录组分析

编号 zgly0001542908

文献类型 期刊论文

文献题名 基于RNA-seq的西藏嵩草转录组分析

作者 宁宇  董树斌  武高洁  王义飞  马骅  索朗夺尔基 

作者单位 中国林业科学研究院湿地研究所  四川若尔盖高寒湿地生态系统国家定位观测研究站  湿地生态功能与恢复北京市重点实验室  北京林业大学生物学院  四川若尔盖湿地国家级自然保护区管理局 

母体文献 林业科技通讯 

年卷期 2017年07期

年份 2017 

分类号 Q943.2  S54 

关键词 西藏嵩草  Kobresia tibetica  转录组  RAN-seq  基因注释  SSR 

文摘内容 嵩草属植物是青藏高原及其周边地区高寒草甸的建群种,分蘖能力强、根系发达,耐寒,是优良的牧草资源。目前对该类植物转录组情况的研究相对不足。该文采用Illumina HiSeq 2500高通量测序技术,对西藏嵩草(Kobresia tibetica)茎、叶、花及果实的混合样进行转录组分析。经拼接组装共获得63 837个Unigene,序列平均长度890.1bp,N50为1 342bp。将Unigene序列与5个主要的公共数据库(NR,Swiss-Prot,KEGG,GO,KOG)进行比对(Evalue<1e-5),共有40 705条Unigene获得了基因注释,占总Unigene的63.76%。通过KEGG pathways分析,共有10 043Unigene参与了274个代谢通路,获得了西藏嵩草分蘖和抗寒相关Unigene 179个。在15 044条Unigene中共搜索到5 310个SSR位点,其中二核苷酸和三核苷酸的重复类型占所有SSR位点的94.63%。这些数据为嵩草相关基因的发掘和SSR分子标记开发提供了重要依据。