小黑杨HD-Zip转录因子家族生物信息学及应答盐胁迫分析

编号 zgly0001568043

文献类型 期刊论文

文献题名 小黑杨HD-Zip转录因子家族生物信息学及应答盐胁迫分析

作者 张雪梅  姚文静  赵凯  姜廷波  周博如 

作者单位 东北林业大学林木遗传育种国家重点实验室 

母体文献 植物研究 

年卷期 2017年05期

年份 2017 

分类号 S792.11 

关键词 HD-Zip转录因子  非生物胁迫  生长发育  小黑杨  生物信息学 

文摘内容 HD-Zip转录因子基因是植物中特有的一类蛋白家族,在植物生长发育和逆境应答胁迫过程中发挥重要作用。HD-Zip转录因子基因是由高度保守的同源异型结构域(HD)和亮氨酸拉链域(LZ)结构域构成的特殊结构模型。杨树HD-Zip转录因子家族共有63个基因,可被分为HD-ZipⅠ、HD-ZipⅡ、HD-ZipⅢ和HD-ZipⅣ四个亚家族。本文利用RNA-Seq分析了盐胁迫条件下HD-Zip基因家族在小黑杨根、茎、叶等不同组织的基因表达差异,从转录组水平揭示其应答胁迫环境的分子机制,结果表明,盐胁迫下在叶中有25个HD-Zip基因下调表达,21个基因上调表达;茎中有42个基因下调表达,11个基因上调表达;根中有26个基因下调表达,24个基因上调表达。另外,本文根据拟南芥HD-Zip转录因子家族基因的已知功能,预测了杨树HD-Zip转录因子同源基因的功能,并利用生物信息学方法分析了杨树HD-Zip转录因子蛋白序列的保守结构域、氨基酸组成和理化性质等,为进一步研究杨树HD-Zip转录因子基因功能提供参考。