金针菇小G蛋白Ran的序列特征与表达分析

编号 zgly0001575985

文献类型 期刊论文

文献题名 金针菇小G蛋白Ran的序列特征与表达分析

作者 张磊  仝宗军  严俊杰  黄蓉梅  刘媛媛  李冰玉  汪健芳  谢宝贵 

作者单位 福建农林大学生命科学学院菌物研究中心 

母体文献 食用菌学报 

年卷期 2018年01期

年份 2018 

分类号 S646.15 

关键词 金针菇  Ran蛋白  菌柄伸长  重力刺激  荧光定量PCR 

文摘内容 基于金针菇(Flammulina velutipes)基因组和转录组数据,运用本地BLAST方法,找到一个小G蛋白Ran的编码基因,命名为FvRan1。运用生物信息学方法进行分析,结果显示:该基因全长为1337bp,编码区长度为1079bp,包含7个外显子和6个内含子,其中4个内含子(I1、I2、I3、I6)在mRNA加工过程中存在可变剪切现象。通过氨基酸序列同源比对和系统发育分析发现,FvRan1具有5个G-Box保守结构域和2个效应器开关,与担子菌中Moniliophthora roreri以及Trametes versicolor的亲缘关系最近。采用RT-qPCR研究FvRan1在不同生长时期及部位、伸长期菌柄的不同部位以及竖直、微重力(旋转)、水平3个不同处理条件下的表达量,结果表明,FvRan1在成熟期菌柄中的表达量最高;在金针菇伸长区段的表达量显著高于生长点和非伸长区段;在模拟微重力条件下,FvRan1呈显著上调表达。FvRan1基因在金针菇菌柄伸长与重力应答过程中可能具有正调控作用。