基于干旱胁迫下杉木转录组序列的EST-SSR分子标记开发

编号 zgly0001570938

文献类型 期刊论文

文献题名 基于干旱胁迫下杉木转录组序列的EST-SSR分子标记开发

作者 吴夏雷  董黎  孙宇涵  胡瑞阳  郑会全  胡德活  李云 

作者单位 北京林业大学  中国林业科学研究院华北林业实验中心  广东省林业科学研究院 

母体文献 东北林业大学学报 

年卷期 2018年02期

年份 2018 

分类号 S791.27 

关键词 杉木转录组  EST-SSR标记  毛细管电泳  多态性 

文摘内容 利用干旱胁迫下杉木转录组数据进行杉木EST-SSR分子标记的开发。对干旱胁迫下的杉木组培材料在Solexa mRNA-Seq平台的二代高通量测序技术下进行了转录组测定,序列拼接后共得到75 357个片段,总长度65.29 Mb,共含有EST-SSR位点2 383个,其中三核苷酸重复类型数量最多,占总数的41.21%。随机挑选120个EST-SSR,用Primer Premier 5软件设计引物,再以遗传距离较远的8份杉木DNA样品为模板,通过8%非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳,从120对引物中初选出电泳条带较好的24对引物,用24份杉木DNA样品进行毛细管电泳检测。结果表明:在初选出的24对EST-SSR引物中有23对引物检测出特异性峰;在24份杉木样品中共检测到等位基因94个,平均每个位点4.087 0个,等位基因变异数范围2~9个;有效等位基因数范围1.086 8~6.914 3个,平均有效等位基因2.089 0个;观测杂合度范围0.250 0~1.000 0;期望杂合度范围0.082 4~0.896 1;多态性信息指数范围0.173 2~2.035 3。开发得到的一组杉木EST-SSR分子标记为研究杉木的遗传多样性、种群结构、DNA指纹数据库构建和遗传信息的保存提供了基础。