家蚕第12连锁群EST-SSR标记的筛选和分析

编号 zgly0001399356

文献类型 期刊论文

文献题名 家蚕第12连锁群EST-SSR标记的筛选和分析

作者 米智  李傲祥  阮成龙  李冠楠  杜文华  隆耀航  朱勇 

作者单位 西南大学生物技术学院 

母体文献 昆虫学报 

年卷期 2011年11期

年份 2011 

分类号 S881 

关键词 家蚕  连锁群  表达序列标签  EST-SSR标记  多态性 

文摘内容 为了探究家蚕Bombyx mori EST-SSR标记的多态性,对检索获得的家蚕第12连锁群的4465条EST序列进行了分析,整理和拼接后得到581条非冗余EST序列,总长度约为480kb。其中,有122条序列中共检测到154个EST-SSR,占所研究的EST序列的2.73%,平均每3.12kb含有一个EST-SSR。在所检测的EST-SSR中,三核苷酸和四核苷酸重复是主导类型,分别占总数的36.36%和28.57%,大部分表现为Perfect形式;核苷酸重复平均长度约为16.2bp,最长为30bp。进一步进行同源性分析,发现有26条序列可以在NCBI中检索到同源序列,在这些序列中一共含有40个SSR,其中14个(35.0%)位于5’-UTR,11个(27.5%)位于3’-UTR,15个(37.5%)位于CDS区。根据筛选到的微卫星序列设计11对引物,其中8对引物有扩增产物,且条带清晰;应用引物ES1204对8个家蚕品种进行PCR扩增都呈现多态性。结果说明通过家蚕EST数据库发掘SSR标记是一条可行的途径。