3个肉牛群体新转录本注释及功能解析

编号 zgly0001743322

文献类型 期刊论文

文献题名 3个肉牛群体新转录本注释及功能解析

作者 王正文  张凌云  安雪姣  张小强  杨雅楠  蔡原  赵生国 

作者单位 甘肃农业大学动物科学技术学院  泾川县畜牧兽医中心 

母体文献 西北农林科技大学学报:自然科学版 

年卷期 2022,50(10)

页码 1-13

年份 2022 

分类号 S823.92 

关键词 平凉红牛  杂交和牛  西门塔尔牛  新转录本  肉质性状 

文摘内容 【目的】挖掘肉牛(Bos taurus)新转录本,探讨其潜在功能,为进一步探明牛肉品质差异的遗传机制提供思路。【方法】以平凉红牛、杂交和牛(和牛×平凉红牛)和西门塔尔牛为研究对象,采集其背最长肌,进行RNA-seq测序,构建cDNA文库,将重新组装的测序数据与牛参考基因组序列进行比对分析,优化已注释转录本的信息,挖掘新转录本并对其进行功能富集分析。随机挑选9个显著差异表达的新转录本进行RT-qPCR验证。【结果】对1081个转录本的5′非翻译区域(UTR)和1586个转录本的3′UTR分别实现了延伸,并对1038个转录本的5′和3′UTR都实现了延伸。挖掘新转录本442个,其中92个新转录本在不同群体间表达差异显著(P《0.05);GO分析显示,表达差异显著的新转录本在代谢过程、酶催化活性和细胞部分等显著富集;KEGG富集发现,显著差异表达的新转录本显著富集在味觉转导、过氧化物酶、河马(Hippo)和MAPK等信号通路中。RT-qPCR结果与RNA-seq结果在定量方面存在差异,但变化趋势一致,说明转录组测序结果可靠。【结论】新转录本通过各种代谢途径和通路广泛参与调控牛肌肉生长、脂肪沉积、疾病和免疫等各项生命活动。