DNA条形码(ITS2)在葫芦科鉴定中应用价值的评估

编号 zgly0001435343

文献类型 期刊论文

文献题名 DNA条形码(ITS2)在葫芦科鉴定中应用价值的评估

作者 唐银琳  刘镛  姚辉  陈振东  吴耀生  徐鹏  蒋东 

作者单位 广西医科大学生物化学与分子生物学教研室  中国医学科学院北京协和医学院药用植物研究所  广西农业科学院蔬菜研究所 

母体文献 植物科学学报 

年卷期 2012年06期

年份 2012 

分类号 Q949 

关键词 葫芦科  ITS2  鉴定  应用价值  纳入标准 

文摘内容 探讨在纳入分析数据时,数据信息的选择对ITS2序列作为DNA条形码在葫芦科植物中鉴定能力的影响。首先,建立由葫芦科植物ITS2序列组成的3个资料组,其中Dataset1为实验样本,Dataset2由实验样本及Gen-Bank数据库样本组合,Dataset3为从Dataset2中去除部分序列后所得。通过比较3个资料组的种间、种内的变异、Barcoding Gap及鉴定成功率,评估纳入分析的数据选择差异对ITS2鉴定能力的影响。结果显示ITS2序列在3个资料组属水平上的鉴定成功率均达到100%;种水平上,用BLAST1法鉴定成功率分别为100%、67.8%、90.6%,Nearest Distance法鉴定成功率分别为100%、52.5%、66.5%。可见纳入分析的数据选择有差异时,会导致鉴定成功率的较大变化。3个资料组中,ITS2分析仅有Dataset2的Barcoding Gap不够显著。因此对于DNA条形码分析中的数据纳入标准,值得进一步研究。