锦葵科植物DNA条形码通用序列的筛选

编号 zgly0001411347

文献类型 期刊论文

文献题名 锦葵科植物DNA条形码通用序列的筛选

作者 王柯  陈科力  刘震  陈士林 

作者单位 湖北中医药大学中药资源和中药复方教育部重点实验室  中国医学科学院北京协和医学院药用植物研究所 

母体文献 植物学报 

年卷期 2011年03期

年份 2011 

分类号 Q949 

关键词 DNA条形码  鉴定  ITS  ITS2  锦葵科  psbA-trnH 

文摘内容 对锦葵科植物样品的ITS、ITS2、rbcL、matK和psbA-trnH序列进行PCR扩增和测序,比较各序列的扩增效率、测序成功率、种内和种间变异的差异以及barcoding gap图,使用BLAST1和Nearest Distance方法评价不同序列的鉴定能力,进而从这些候选序列中筛选出较适合锦葵科植物鉴别的DNA条形码序列。结果表明,ITS序列在采集的锦葵科植物11个种26个样品中的扩增成功率较高,其种内、种间变异差异和barcoding gap较ITS2、psbA-trnH及rbcL序列具有更明显的优势,且纳入60个属316个种共1228个样品的网上数据后,其鉴定成功率可达89.9%。psbA-trnH序列的扩增和测序成功率最高,其鉴定成功率为63.2%,并能鉴别一些ITS序列无法鉴别的种。实验结果表明,ITS和psbA-trnH是较适合鉴别锦葵科植物的DNA条形码序列组合。