从绵羊UniGene数据库中筛选微卫星标记的初步研究

编号 zgly0001318853

文献类型 期刊论文

文献题名 从绵羊UniGene数据库中筛选微卫星标记的初步研究

作者 闫秋良  张英汉  李宏滨  魏彩虹  杜立新 

作者单位 西北农林科技大学动物科技学院  中国农业科学院北京畜牧兽医研究所  中国农业科学院北京畜牧兽医研究所 陕西杨凌712100  北京100094  陕西杨凌712100 

母体文献 西北农林科技大学学报(自然科学版 

年卷期 2007年11期

年份 2007 

分类号 S826 

关键词 绵羊  表达序列分析  微卫星  SSR 

文摘内容 为了利用生物信息学方法筛选绵羊微卫星标记,利用SSRIT和SSRFinder软件对绵羊UniGene数据库的4 081个簇进行搜索,筛选绵羊EST-SSRs标记。结果表明,从绵羊UniGene数据库中搜索到微卫星136个,含有微卫星的序列121个,占整个EST序列数据库的3.0%,其中双碱基重复47个,三碱基重复54个,四碱基重复3个,五碱基重复4个,六碱基重复28个。在这些微卫星序列中,AC/TG重复在双碱基类型中最丰富,CTG重复在三碱基类型中最常见,分别占双碱基和三碱基微卫星序列总数的64%和29%。根据筛选到的微卫星序列设计并合成引物30对,在设计的30对引物中,20对引物有扩增产物,且条带清晰,其中有2对引物在小尾寒羊品种内呈现多态。