基于RNA-Seq技术检测分析家蚕卵巢发育高表达基因

编号 zgly0001447940

文献类型 期刊论文

文献题名 基于RNA-Seq技术检测分析家蚕卵巢发育高表达基因

作者 宋作伟  黄茉莉  薛仁宇  曹广力  贡成良 

作者单位 苏州大学基础医学与生物科学学院  苏州大学现代丝绸国家工程实验室 

母体文献 蚕业科学 

年卷期 2013年04期

年份 2013 

分类号 S881.26 

关键词 家蚕  卵巢  基因表达  RNA-Seq测序  KEGG分析 

文摘内容 为了从分子水平解析家蚕卵巢发育和卵子发生的机制,对家蚕卵巢组织进行深度RNA测序,并对高表达基因进行KEGG通路富集分析。取5龄3 d、5龄6 d及化蛹2 d的家蚕卵巢分别抽提RNA,并合成cDNA,将3组样品混合后进行RNA-Seq测序,得到的总reads条带数为6 306 078,平均长度为100 bp,其中clean reads达到98.87%,测序饱和度良好,证明测序数据真实可靠。clean reads对应的基因数为9 609个。以家蚕Actin3基因为参照,计算所测基因的log2(Fold_change),将log2(Fold_change)>2的基因定义为高表达基因,共有66个基因为高表达基因。利用KEGG通路富集分析发现这些基因主要集中在能量代谢、蛋白质合成、信号转导等路径中。研究结果为理解家蚕卵巢发育及卵子的发生提供了新的线索。