基于RNA-Seq技术分析家蚕卵巢培养细胞(BmN)高表达基因

编号 zgly0001478156

文献类型 期刊论文

文献题名 基于RNA-Seq技术分析家蚕卵巢培养细胞(BmN)高表达基因

作者 何蕾  薛仁宇  曹广力  胡小龙  贡成良 

作者单位 苏州大学基础医学与生物科学学院  苏州大学现代丝绸国家工程实验室 

母体文献 蚕业科学 

年卷期 2014年03期

年份 2014 

分类号 S881.2 

关键词 家蚕  BmN细胞  基因表达  GO注释  KEGG分析 

文摘内容 为了更全面了解家蚕卵巢培养细胞(BmN)的转录基因及其涉及的功能,对BmN细胞进行深度RNA测序(RNAseq)。得到的总读段(reads)数为80 968 776条,有效RNA-Seq数据68 672 812条,reads的平均长度为94.85 bp,有效数据达到84.81%,证实测序数据可信。将有效数据比对家蚕mRNA序列,发现BmN细胞中的10 182个基因有不同程度表达。利用qRT-PCR测定随机选择BmN细胞中7个基因的相对表达水平,与RNA-Seq的结果略有差异,但总体趋势表现一致。以家蚕Actin3基因作为参照,计算BmN细胞中表达基因读段倍率变化的log2(Fold_change),将log2(Fold_change)>2的基因定义为高表达基因,共有41个基因在BmN细胞中高表达。选取FPKM值>15且表达水平最高的100个基因进行GO注释,主要涉及细胞组分、分子功能和生物学进程,富集在细胞组分中的基因比率高于富集在分子功能、生物学进程中的基因比率。KEGG分析显示这100个高表达基因分布在能量代谢,转录,翻译,折叠、组装和降解以及信号转导等22条通路上。比较发现BmN细胞与家蚕卵巢组织之间的高表达基因存在差异。