中国桑属15个种RAD-seq高通量测序

编号 zgly0001516189

文献类型 期刊论文

文献题名 中国桑属15个种RAD-seq高通量测序

作者 陈祥平  吕银  刘玲  柯皓天  刘凯旋  王茜龄  任艳红  陈仁芳 

作者单位 四川省丝绸科学研究院  西南大学生物技术学院 

母体文献 蚕学通讯 

年卷期 2016年03期

年份 2016 

分类号 S888.2 

关键词 中国桑属  RAD-seq  SNP标记  系统发育 

文摘内容 利用RAD-seq对中国桑属15个种进行了高通量测序,总共得到36.72Gb clean data,总Tags数2 788 927(reads),平均每个种原始数据都在10M以上,Tags都在20万条以上,质量值Q30都在90%以上。用Stacks软件对15个种进行比对,获得68904个SNPs位点。用最大似然法建树,分支图首先将白桑、广东桑分出,接着是山桑、鲁桑、瑞穗桑,再次分出的是鸡桑、细齿桑、蒙桑和鬼桑,最后分出的是黑桑、川桑、华桑、滇桑、长穗桑、奶桑。分支图能将栽培种和野生种完全分开;可以将蒙桑和鬼桑、鸡桑、华桑、川桑、奶桑分开。认为白桑、广东桑属原始类型,长穗桑、奶桑属进化类型;山桑、鲁桑、瑞穗桑这三个种被分在一个分支,自检支持率99%,黑桑、川桑这两个种被分在一个分支,自检支持率56%,长穗桑、奶桑这两个种被分在一个分支,自检支持率100%,说明这些种之间有较近的亲缘关系,桑属RAD-seq测序能大规模筛查SNPs位点,系统发育分析的准确性就更加可靠。