杏EST-SSR标记的开发

编号 zgly0000768828

文献类型 期刊论文

文献题名 杏EST-SSR标记的开发

学科分类 220.1520;林木遗传学

作者 上官凌飞  李晓颖  宁宁  王玉柱  章镇  房经贵 

作者单位 南京农业大学园艺学院  北京市农林科学院林业果树研究所 

母体文献 园艺学报 

年卷期 2011,38(1)

页码 43-54

年份 2011 

分类号 S662.2 S662.4 

关键词 杏  梅  EST-SSR  遗传差异分析 

文摘内容 利用MISA软件对NCBI上杏的15387条EST序列进行SSR位点查找,发掘出含有SSR位点的序列1073条,共有1353个SSR位点,候选SSR位点出现的频率为8.79%。二核苷酸、三核苷酸和四核苷酸重复是最主要的重复类型,分别占23.50%、38.80%和23.43%。设计了50对EST-SSR引物并进行PCR扩增,发现40对引物能扩增出理想的PCR产物,其中有25对引物能够扩增出多态性带。随机对7对引物的部分杏扩增片段进行了测序分析,发现有57.1%的片段具有相应的SSR位点,对梅DNA指纹中部分谱带的测序结果也证明是杏扩增出的相应的SSR位点。根据推算,从杏EST中开发SSR标记的开发效率为3.98%。进一步选用20对扩增效果最好的引物对24个杏品种,16个花梅品种以及8个果梅品种进行DNA指纹构建与遗传多样性分析,结果表明,来源于杏的EST-SSR引物在梅中有很高的通用性,杏和梅是遗传差异明显的两种植物,果梅与花梅在遗传上是不能分为两类的同种植物。