哈茨木霉Th-33全基因组序列测定与分析

编号 zgly0001526646

文献类型 期刊论文

文献题名 哈茨木霉Th-33全基因组序列测定与分析

作者 孙青  蒋细良  庞莉  王丽荣  李梅 

作者单位 中国农业科学院植物保护研究所/农业部作物有害生物综合治理重点实验室 

母体文献 中国生物防治学报 

年卷期 2016年02期

年份 2016 

分类号 S476 

关键词 哈茨木霉  基因组  基因注释  代谢通路  重寄生相关基因 

文摘内容 利用Hiseq2500高通量测序平台对哈茨木霉Th-33全基因组进行序列测定,获得196个scaffolds,共预测了10849个基因,平均长度为1776 bp(Gen Bank登录号:PRJNA272949)。以GO(gene ontology)数据库对预测出的基因做基因注释,共注释基因6238个;以KEGG(kyoto encyclopedia of genes and genomes pathway database)数据库对预测出的基因做基因注释,有6789个基因注释到279条KEGG代谢途径。KEGG富集分析显示,对氨基苯甲酸甲酯降解代谢通路涉及基因最多,有232个基因;其次是双酚降解代谢通路,有206个基因。利用Rfam数据库对基因组序列进行RNA分类预测,共分为25个类别,包含7123个基因,其中涉及基因最多的为转录后修饰、蛋白质翻转和分子伴侣一类。比较了哈茨木霉、深绿木霉、绿木霉以及里氏木霉基因组中重寄生相关的碳水化合物活性酶、蛋白酶及次生代谢相关基因。研究结果有助于深入了解木霉菌的生防机制、推动木霉菌功能基因的挖掘和利用。