基于ddGBS的黑杨派杨树SNP位点挖掘

编号 zgly0001743634

文献类型 期刊论文

文献题名 基于ddGBS的黑杨派杨树SNP位点挖掘

作者 刘粉粉  姜小龙  翁文源  龚细娟  徐刚标 

作者单位 中南林业科技大学林学院  湖南省泰格林纸集团有限公司 

母体文献 中南林业科技大学学报 

年卷期 2022,42(7)

页码 178-185

年份 2022 

分类号 S792.11 

关键词 杨树  基因组  测序基因分型  单核苷酸多态性位点 

文摘内容 【目的】基于双酶切测序基因分型(Double-digest genotyping by sequencing,ddGBS)技术,挖掘黑杨派特异性单核苷酸多态性(Single-nucleotide-polymorphism,SNP)位点信息,旨在为杨树SNP标记开发、种质指纹图谱构建、遗传多样性分析及重要经济性状关联分析等研究提供位点信息。【方法】以46份黑杨派无性系种质为材料,采用MseI+TaqaI双酶切基因组构建GBS文库并测序,使用Bowtie2将过滤后的序列数据比对到毛果杨参考基因组上,Stacks软件开发SNP位点,SnpEff软件注释SNP位点,R语言分析SNPs位点数目与染色体长度的相关性。【结果】共获得108 Gb数据,每个样本平均数据量为2.35 Gb;样本测序总序列数为218156221条,总碱基为62832509890 bp,样本序列数及其碱基长度的平均值分别为4742526条和1365924128 bp。Q30值为93.32%~94.44%,平均值为93.87%;GC含量为41.83%~44.96%,平均值为42.65%;碱基测序的平均错误率低于0.10%。这表明,GBS测序质量较高。序列比对至参考基因组的成功率为64.25%~73.53%,平均为69.89%;位点测序深度为12.40~24.70,平均值为18.40。过滤后共获得131194个SNP位点,主要位于基因上、下游和转录区,其中,C/T和A/G变异类型最多,转换类型明显高于颠倒类型。98.41%(129104)SNPs位点能成功定位到19条染色体上,位点平均分布密度为1/3188 bp;SNPs位点数目与染色体长度呈极显著线性正相关。【结论】GBS技术能够有效地挖掘SNP位点信息,可用于大规模杨树SNP标记开发,为进一步开展杨树种质指纹图谱构建、遗传多样性分析以及重要经济性状关联分析等研究奠定了基础。