百合斑驳病毒云南分离物全基因组序列分析及CP结构预测

编号 zgly0001576183

文献类型 期刊论文

文献题名 百合斑驳病毒云南分离物全基因组序列分析及CP结构预测

作者 李月月  孙健  谭冠林  马琨玲  李凡 

作者单位 云南农业大学植物保护学院  星巴克咖啡种植者支持中心  云南农业大学教务处现代教育技术中心  云南大理州烟草公司大理市分公司 

母体文献 植物病理学报 

年卷期 2018年02期

年份 2018 

分类号 S436.8 

关键词 百合斑驳病毒  基因组  外壳蛋白  特性  结构预测 

文摘内容 对云南嵩明百合上发生的百合斑驳病毒(Lily mottle virus,LMo V)进行全基因组序列测定及分析,并对LMo V嵩明分离物(LMo V-SMi1、LMo V-SMi2)和玉溪分离物(LMo V-YXi1、LMo V-YXi2)外壳蛋白(coat protein,CP)基因进行序列比较,发现云南的LMo V分为2个类群,玉溪分离物属于种群I,嵩明分离物属于种群II。2个类群间的核苷酸和氨基酸同源性分别为86.7%～89.5%、90.1%～92.7%,玉溪分离物和嵩明分离物相比,cp基因发生了3个核苷酸的缺失。对国内外LMo V所有分离物的cp基因氨基酸序列进行系统进化分析,结果表明所有LMo V分离物可划分为2个种群,种群I分离物较种群II分离物几乎均存在1个苏氨酸缺失的差异。此外,对LMo V-SMi2的CP相关特性和空间结构进行了初步预测,认为该蛋白为球状,具有较强的表面可能性,不存在跨膜区域,大多数区域能够形成主要的抗原决定簇,主要集中在aa12-22、aa31-42、aa83-99、aa179-191、aa215-223、aa249-259区段,可作为制备抗血清选择抗原的参考。LM o V-SM i2和LM o V-YXi1在二级结构和三级结构上存在一定的差异,但总体空间结构差异不大。