猪圆环病毒3型Cap蛋白序列的生物信息学研究

编号 zgly0001705748

文献类型 期刊论文

文献题名 猪圆环病毒3型Cap蛋白序列的生物信息学研究

作者 李周勉  邹亚文  蒋一凡  胡意  秦艺文  李萌  湛洋  王东亮  王乃东 

作者单位 湖南农业大学动物医学院  兽用蛋白质工程疫苗湖南省重点实验室  兽用疫苗逆向创制湖南省工程研究中心 

母体文献 经济动物学报 

年卷期 2020年01期

年份 2020 

分类号 S852.651 

关键词 猪圆环病毒3型  Cap蛋白  氨基酸突变位点  生物信息学 

文摘内容 猪圆环病毒3型(PCV3)是一种在世界范围内分布较广泛的新型猪病毒,其发病机制尚不清楚。为系统分析PCV3 Capsid(Cap)蛋白序列和结构特点,收集Gen Bank登录的来自不同国家和地区的210条PCV3全基因组和Cap蛋白基因序列,筛选获得46株PCV3代表序列;采用生物信息学(Bio Edit和MAGE 6.0等)技术分析PCV3 Cap序列同源性、结构特点、系统进化和热点突变位点情况。结果表明:46株PCV3 Cap序列同源性为97.66%～100%,PCV3 Cap预测的8个B细胞和10个T细胞表位中均存在序列突变,其中B细胞抗原表位E (109～146位氨基酸)和T细胞抗原表位D(72～81位氨基酸)存在的突变位点数最多。研究发现26株属于PCV3a,20株属于PCV3b。PCV3与PCV2 Cap序列比较分析发现,PCV3 Cap在NLS区域内有6处突变(R11K、R12K、H26M、R27K、V31A和R34K); PCV3 Cap序列间比对分析发现,PCV3b Cap序列出现突变的几率(17/20,85%)高于PCV3a (19/26,73%)。而从临床表现有繁殖障碍和死胎的样品中检测出的PCV3序列均存在S77T和I150L突变位点;从伴有发热、肺炎的仔猪以及肺匀浆样本检测出的PCV3序列中均有R10K突变位点,这些特定的突变位点与临床症状的关系需后续深入研究。本研究结果为PCV3基因功能、进化、预防和控制等研究提供重要序列信息。