基于RNA-Seq的茶树CsMYB生物信息学分析

编号 zgly0001566380

文献类型 期刊论文

文献题名 基于RNA-Seq的茶树CsMYB生物信息学分析

作者 罗勇  欧淑琼  陈丝  石玉兰  郑楚楚  刘仲华  王坤波  黄建安 

作者单位 湖南农业大学茶学教育部重点实验室  国家植物功能成分利用工程技术研究中心  湖南省植物功能成分利用协同创新中心 

母体文献 分子植物育种 

年卷期 2017年06期

年份 2017 

分类号 Q943.2  S571.1 

关键词 转录组  转录因子  生物信息学 

文摘内容 作为植物中最大的转录因子家族之一,MYB参与多种生物学过程,本研究基于RNA-Seq技术,对获得的一条茶树MYB Unigene,将其命名为CsMYB。采用生物信息学的分析方法,对CsMYB基因片段氨基酸序列同其它植物间相应片段进行同源性和系统进化分析,并进行该基因编码蛋白的理化性质和结构功能预测,结果表明:CsMYB基因编码的蛋白含315个氨基酸,是一种亲水性蛋白,定位于其它细胞器,该蛋白不存在信号肽,是一种非分泌蛋白;其编码的氨基酸序列与葡萄的同源关系较近,与豆科植物的同源关系较远;功能结构分析表明其20~127位氨基酸之间含2个保守的HTH-MYB类型结构域,归属于R2R3-MYB家族;二三级结构分析表明CsMYB主要由无规则卷曲和α-螺旋组成,空间结构主要是螺旋和转角。分析茶树基因组MYB基因的表达模式,发现不同茶树品种间大部分差异MYB基因表达呈显著上调趋势,少部分下调表达。