利用Solexa测序技术鉴定甜橙miRNAs

编号 zgly0001459650

文献类型 期刊论文

文献题名 利用Solexa测序技术鉴定甜橙miRNAs

作者 王永江  李中安  张振臣  杨方云  周彦  曹孟籍  申晚霞  刘金香  周常勇 

作者单位 国家柑桔工程技术研究中心  河南省农业科学院植物保护研究所 

母体文献 果树学报 

年卷期 2013年04期

年份 2013 

分类号 S666.4 

关键词 甜橙  miRNA  靶基因  高通量测序 

文摘内容 【目的】预测鉴定甜橙miRNA及其作用机制和功能,为深入研究挖掘甜橙miRNA及其抗病相关miRNA的作用等提供翔实的基因信息。【方法】利用高通量测序技术、相关的生物信息学软件和数据库,构建甜橙小RNA文库,然后以甜橙基因组为参考基因组,进行甜橙miRNA鉴定和靶基因预测;利用GO和KEGG数据库对靶基因进行功能分析。【结果】成功构建了甜橙小RNA文库:获得12 617 944条小RNA序列分属于3 065 625种小RNA序列,获得序列中24 nt长的序列最多,占到序列的49.3%。鉴定出2 199 561条miRNA,其中已知miRNA638 722条,分属52种miRNA家族,候选miRNA1 560 839条,分属204种miRNA。已知的52种保守miRNA基因预测出927个靶基因位点,候选miRNA中有154种预测出1 777个靶基因位点。GO数据库对靶基因分类显示,甜橙miRNA调控的靶基因主要参与多细胞互作、转录本调控和细胞组成等生物学途经和分子功能方面。KEGG数据库中病原物与寄主互作亚库分析结果显示,靶基因主要与抗性蛋白、转录因子和抗病酶等关联。【结论】预测鉴定出一批甜橙miRNA及其调控的靶基因,为进一步研究提供了参考信息。