从金凤蝶分离的一株微孢子虫的全基因组MITEs转座子鉴定与系统进化分析

编号 zgly0001478149

文献类型 期刊论文

文献题名 从金凤蝶分离的一株微孢子虫的全基因组MITEs转座子鉴定与系统进化分析

作者 刘铁  许金山  李田  潘国庆  何强  李学燕  周泽扬 

作者单位 家蚕基因组生物学国家重点实验室  西南大学数学与统计学院  重庆师范大学生命科学学院  遗传资源与进化国家重点实验室 

母体文献 蚕业科学 

年卷期 2014年01期

年份 2014 

分类号 Q963 

关键词 微孢子虫  金凤蝶分离株  家蚕微孢子虫  微型反向重复转座元件  基因组 

文摘内容 微型反向重复转座元件(MITEs)是一种非自主性DNA类转座子。从四川省雅安市野外的金凤蝶(Papilio machaon Linnaeus)中分离到一株微孢子虫,简称PM-1。采用生物信息学分析方法,利用MITE-Hunter软件在PM-1基因组中鉴定出21个MITEs家族,命名为NpmME1~NpmME21。其中有5个家族属于Stowaway-like类,1个家族属于Tourist-like类,2个家族属于Pegasus-like类,其余13个家族为新家族。比较家蚕微孢子虫(Nosema bombycis)已鉴定的MITEs转座子,发现PM-1分离株的NpmME20与家蚕微孢子虫的NbME1属于同一家族,且在家蚕微孢子虫基因组中的拷贝数是PM-1分离株基因组中的30倍,表明该MITEs家族从2种微孢子虫共同祖先分化后,在家蚕微孢子虫基因组中经历了爆发式的扩增。对PM-1分离株NpmMEs各家族内拷贝序列两两间遗传距离的分析显示,NpmME1、NpmME8家族的遗传距离明显大于NpmME10、NpmME13、NpmME16家族,在家蚕微孢子虫中也有类似现象,暗示着前两者更为古老。进一步调查NpmMEs在PM-1基因组上的位置发现,NpmMEs转座子偏向于分布在基因侧翼非编码区,无基因内插入偏向;部分NpmMEs序列与基因起始密码子或终止密码子重叠,改变了基因的原有结构。研究结果有助于进一步阐释微孢子虫MITEs转座子的进化起源以及对基因组结构的影响。