蒜头果叶绿体基因组密码子偏好性分析

编号 zgly0001724223

文献类型 期刊论文

文献题名 蒜头果叶绿体基因组密码子偏好性分析

作者 原晓龙  刘音  康洪梅  陈中华  李云琴  王毅 

作者单位 云南省林业和草原科学院  云南省水文水资源局昆明分局/云南省水环境监测中心昆明市分中心 

母体文献 西南林业大学学报:自然科学 

年卷期 2021,41(3)

页码 15-22

年份 2021 

分类号 S792  Q781 

关键词 蒜头果  叶绿体  基因组  密码子  偏好性 

文摘内容 为了解蒜头果叶绿体基因组密码子的使用偏性,利用Codon W 1.4.2和CUSP软件对蒜头果叶绿体基因组中33个基因的密码子进行中性绘图,应用ENC?plot、PR2?plot绘图分析并确定了其最优密码子。结果表明:蒜头果叶绿体基因组密码子的第3位碱基GC含量为28.43%,远低于第1位(47.74%)和第2位(41.05%),RSCU值大于1的密码子有30个,其中12个以A结尾,16个以U结尾,说明蒜头果叶绿体基因组的编码基因偏好以A和U结尾。GC_(12)和GC_(3)的相关系数为0.1646,相关性不显著,回归系数为0.0004;有效密码子数(ENC)范围为40.39~54.86,大于45的有25个,ENC比值主要分布在?0.05~0.05之外。蒜头果叶绿体基因组中的大部分基因分布在PR2平面图的下半部或右下半部,说明蒜头果叶绿体基因组密码子偏好性更多地受选择的影响,同时亦受其他因素的影响。蒜头果叶绿体基因组的最优密码子确定为UUU、UUA、GUA等18个。