翦股颖EST-SSR信息分析与分子标记开发

编号 zgly0001382729

文献类型 期刊论文

文献题名 翦股颖EST-SSR信息分析与分子标记开发

作者 赵岩  王涛  孔凡美  李斯深 

作者单位 作物生物学国家重点实验室/山东农业大学农学院  山东农业大学资源与环境学院 

母体文献 中国草地学报 

年卷期 2010年04期

年份 2010 

分类号 S688.4 

关键词 翦股颖  EST-SSR  标记开发 

文摘内容 为加速分子标记在翦股颖中的应用,利用GenBank中翦股颖EST数据信息,展开了翦股颖EST-SSR信息分析和标记开发研究。在16992条翦股颖EST序列中,共发现微卫星序列254条,占整个EST总数的1.49%。EST序列总长为12717kb,平均每50.07kb含有1个SSR。EST-SSR分布特征分析表明,在所有SSR中,六核苷酸基序最多(37.80%),三核苷酸基序(31.10%)次之;六核苷酸基序以TGCGGC/ACGCCG出现频率最高(3.15%),TCCAGC/AGGTCG次之(2.36%);三核苷酸基序以CAG/GTC出现频率最高(10.63%),其次分别为GCA/CGT(3.54%)、GAT/CTA(2.36%)和AAG/TTC(2.36%)。根据这些含有SSR的EST序列,利用Pri mer 5.0软件,设计了77对EST-SSR引物,并选择其中15对引物进行合成。15对引物在翦股颖中均有PCR扩增条带。利用这些引物,选用8个翦股颖品种进行多态性研究,其中9对EST-SSR引物有多态性,共检测到23个多态性位点,平均每对引物产生2.56个多态性位点。