黄瓜共表达基因模块的识别及其特点分析

编号 zgly0000964633

文献类型 期刊论文

文献题名 黄瓜共表达基因模块的识别及其特点分析

学科分类 220.1520;林木遗传学

作者 林行众  张忠华  杨清  黄三文 

作者单位 南京农业大学生命科学学院  中国农业科学研究院蔬菜花卉研究所/农业部园艺作物生物学与种质创制重点实验室/中-荷园艺作物基因组分析实验室 

母体文献 农业生物技术学报 

年卷期 2015(9)

页码 1121-1130

年份 2015 

关键词 黄瓜  转录组  权重共表达网络分析(WGCNA)  共表达 

文摘内容 共表达网络分析是利用海量生物学数据研究基因与性状关系的重要方法。本研究利用黄瓜(Cucumis sativus L.)10份不同组织的转录组数据计算各个基因在不同组织中表达丰度,去除在10个组织中表达量最大值小于5的基因,然后利用R语言中的权重共表达网络分析(weighted gene co-expression network analysis,WGCNA)软件包构建了共表达网络,获得1 134个共表达模块,一共16 924个基因。去除模块内基因之间相关系数平均值小于0.9的模块,最后得到839个共表达模块,一共11 844个基因。