单叶省藤和黄藤基因组组装研究

编号 zgly0001653822

文献类型 期刊论文

文献题名 单叶省藤和黄藤基因组组装研究

作者 王思宁  赵韩生  高志民 

作者单位 国际竹藤中心 

母体文献 世界竹藤通讯 

年卷期 2018年06期

年份 2018 

分类号 S792.91 

关键词 棕榈藤  单叶省藤  黄藤  全基因组测序  基因组组装  注释 

文摘内容 单叶省藤(Calamus simplicifolius)和黄藤(Daemonorops jenkinsiana)是棕榈藤的2种重要的代表藤种,是藤工业化利用的主要原材料。然而,棕榈藤参考基因组的空白成为开展其基础生物学和应用生物学研究的主要障碍。本研究通过使用Illumina、Pacific Biosciences和基于染色体构象捕获技术的基因组辅助组装测序等高通量测序技术,完成了单叶省藤和黄藤染色体水平上基因组的组装。项目测序共分别得到约730 Gb和约682 Gb的原始数据,分别相当于预测基因组覆盖度(单叶省藤约1. 98 Gb,黄藤约1. 61 Gb)的372倍和426倍。另外,单叶省藤和黄藤的scaffold N50分别为160 Mb和119 Mb。在单叶省藤和黄藤的基因组分别注释出51 235和53 342个完整的蛋白质编码基因模型。通用单拷贝直系同源评估表明,2种藤基因组组装的完整性分别达到96. 4%和91. 3%。进化分析显示,4种棕榈科植物聚在一支上,单叶省藤和黄藤的分化时间约出现于1 930万年前。此外,还分别在单叶省藤和黄藤的基因组中鉴定了193个和172个参与木质素生物合成的基因。这些数据不仅为开展藤功能基因组学研究提供了基础资源,促进种质资源的育种应用,而且还作为开展种间及不同物种之间的比较研究提供了参考基因组。