人参单一基因微卫星标记的分析

编号 zgly0000773348

文献类型 期刊论文

文献题名 人参单一基因微卫星标记的分析

学科分类 220.45;经济林学

作者 吴天姝  梁翠  李宏博  朴钟云 

作者单位 沈阳农业大学园艺学院 

母体文献 中国农业科学 

年卷期 2011,44(13)

页码 2650-2660

年份 2011 

分类号 S511 

关键词 人参  单一基因微卫星  基因组SSR 

文摘内容 【目的】利用人参单一基因(unigene)序列, 研究人参转录区SSR的分布特征; 开发单一基因微卫星(UGMS)标记, 并比较人参UGMS与基因组SSR标记(G-SSR)在分布频率、多态性及通用性等方面的不同, 为人参等五加科药用植物的鉴定、遗传图谱的建立等研究奠定基础。【方法】利用NCBI公共数据库的7649条人参EST序列, 筛选出含有SSR的单一基因序列, 并分析人参SSR的分布; 根据这些序列以及包含SSR的人参基因组序列合成的引物扩增人参不同品种和其它五加科植物。【结果】检测到总长度为2.72Mb的4869个单一基因。其中, 488个单一基因分布有724个SSR, 占人参EST的10.02%, SSR的分布密度为3.75Kb。一至三核苷酸重复分布频率分别为29.28%、48.06%和19.06%。非编码区和编码区重复序列分别以AT/TA和AAG/CTT为主。在合成的100对UGMS和44对G-SSR引物中, 分别有86和44对能够扩增出人参的PCR产物, 其多态率分别为42.0%和43.2%。人参UGMS对五加科西洋参、三七和刺五加植物的通用性分别为100%、87.2%和75.6%; G-SSR分别为95.5%、72.7%和40.9%。【结论】人参基因中SSR发生频率较高, 并以二核苷酸重复为主。不同基因区域内的SSR分布具有非随机性。UGMS在揭示种内多态性方面不及G-SSR, 但具有较高的种间通用性。