杉木EST-SSR与基因组SSR引物开发

编号 zgly0000870706

文献类型 期刊论文

文献题名 杉木EST-SSR与基因组SSR引物开发

学科分类 220.5540;木材学

作者 徐阳  陈金慧  李亚  洪舟  王颖  赵亚琦  王新民  施季森 

作者单位 南京林业大学  林木遗传与生物技术省部共建教育部重点实验室  南京林业大学林  木遗传与生物技术省部共建教育部重点实验室 

母体文献 南京林业大学学报;自然科学版 

年卷期 2014(1)

页码 9-14

年份 2014 

关键词 杉木  基因组SSR  EST-SSR 

文摘内容 利用已经公布的杉木444条EST序列和未公布的杉木基因组文库中1 142条基因序列,进行引物开发效率的比较。去冗余后,利用MISA搜索SSR位点,分别得到109个和39个含有SSR的位点。杉木EST序列中SSR分布密度为964.58个/Mbp,基因组中平均每Mbp出现1 037.24个SSR。在两个独立来源的数据库序列中,六核苷酸重复均为最多的重复类型,且AT-rich的重复类型占较大比例。AGC/CTG是杉木EST序列和基因组库中最多的三碱基重复,通过Primer 3.0分别设计出SSR引物95对和37对。