丹参中病程相关蛋白基因SmSTH-2的生物信息学分析

编号 zgly0001330452

文献类型 期刊论文

文献题名 丹参中病程相关蛋白基因SmSTH-2的生物信息学分析

作者 曹晓燕  刘丛玲  王喆之 

作者单位 药用植物资源与天然药物化学教育部重点实验室  陕西师范大学生命科学学院 西安 710062  陕西师范大学生命科学学院  西安 710062 

母体文献 植物生理学通讯 

年卷期 2007年06期

年份 2007 

分类号 S435.675 

关键词 病程相关蛋白  丹参  实时荧光定量PCR  生物信息学 

文摘内容 对丹参cDNA文库的表达序列标签(EST)序列进行BLAST分析显示,其中一条序列与病程相关蛋白基因STH-2有较高的同源性。该序列全长691bp,包含1个长483bp的开放阅读框(ORF),编码160个氨基酸,命名为SmSTH-2。生物信息学分析显示:SmSTH-2所编码蛋白的分子质量为17990Da,等电点为5.15,富含谷氨酸、赖氨酸、甘氨酸、丝氨酸,无信号肽,属于稳定类蛋白。与NCBI注册的其他6种植物来源的病程相关蛋白基因编码的氨基酸序列的同源性在42%～46%之间。实时荧光定量PCR的方法检测丹参不同组织部位中SmSTH-2表达和病原菌对该基因诱导表达的影响的结果表明:SmSTH-2在植物的根、茎、叶中均有不同程度的表达,其表达丰度为根>叶>茎;丹参叶片接种黄瓜细菌性角斑病病原菌后,4d内可诱导该基因的表达量持续增加。用PCR方法从基因组水平克隆到SmSTH-2的DNA序列,测序表明SmSTH-2的编码序列在DNA水平上含有一个71bp的内含子,DNA序列注册号为EF621486.