新疆沙冬青基因组调查测序与基因组大小预测

编号 zgly0001577008

文献类型 期刊论文

文献题名 新疆沙冬青基因组调查测序与基因组大小预测

作者 王雪  周佳熠  孙会改  禹瑞敏  高飞  周宜君 

作者单位 中央民族大学生命与环境科学学院 

母体文献 植物遗传资源学报 

年卷期 2018年01期

年份 2018 

分类号 S793.9 

关键词 新疆沙冬青  基因组大小  流式细胞分析  K-mer分析  SSR分子标记 

文摘内容 新疆沙冬青是中国荒漠地区代表性常绿阔叶植物,属于第三纪孑遗植物。其极强的逆境耐受性受到了研究者的广泛关注,但由于缺乏基因组序列,分子生物学研究水平进展缓慢。本研究对新疆沙冬青进行了基因组调查测序,共得到65 Gb大小的双端测序数据。结合基于K-mer分析和流式细胞分析的方法,预测基因组大小、杂合率和GC含量等特征,估计基因组大小为770~787 Mb。测序数据拼接构建得到contigs的N50为684 bp,总读长为0.538 Gb;进一步组装后scaffolds的N50为12.09 kb,总读长为0.602 Gb。对拼接数据进行SSR分子标记预测,共得到151858个SSR,其中二核苷酸重复单元比例最高为56.39%,在二核苷酸重复单元中,AT/TA组成形式占多数。本研究首次报道了荒漠植物新疆沙冬青的基因组特征,为后续基因组学研究提供参考。