基于流式细胞术和基因组Survey的花榈木基因组大小及特征分析

编号 zgly0001748739

文献类型 期刊论文

文献题名 基于流式细胞术和基因组Survey的花榈木基因组大小及特征分析

作者 夏诗琪  欧阳天林  温强  周成钏  楼浙辉  宋颖  刘丽婷 

作者单位 江西省林业科学院  江西省林业科技实验中心  华南农业大学·林学与风景园林学院 

母体文献 南方林业科学 

年卷期 2022,50(6)

页码 1-5

年份 2022 

分类号 S792.99  Q789 

关键词 花榈木  基因组大小  流式细胞术  基因组调查分析 

文摘内容 花榈木是重要的材用、药用及园林绿化树种,国家二级重点保护野生植物。由于基因组数据缺乏,导致花榈木基因资源开发和分子机制研究相对滞后。本研究通过流式细胞术和基因组Survey分析方法对花榈木基因组大小进行估测,获得花榈木基因组重复系列比例、基因组杂合度以及GC含量等信息。经流式细胞术测定,得知花榈木基因组大小约为3 Gb。对花榈木基因组测序数据采用K-mer 17进行分析,得到花榈木基因组大小为3.01 Gb,与前者所得结果基本一致;杂合率为1.04%,重复序列比例为82.23%。采用K-mer 41进行组装,得到的contig N50为656 bp,总长为1 343 713 339 bp,scaffold N50为762 bp,总长为1 364 689 951 bp。根据各信息分析,得知花榈木基因组为高复杂基因组,本研究结果可以为后续基因组组装相应策略提供参考。