一个园艺植物基因组序列和注释的在线批量实时提取平台

编号 zgly0001496990

文献类型 期刊论文

文献题名 一个园艺植物基因组序列和注释的在线批量实时提取平台

作者 张长青  上官凌飞  李海玲  王进 

作者单位 金陵科技学院园艺学院  南京农业大学园艺学院  南京大学生物化学系 

母体文献 植物学报 

年卷期 2015年03期

年份 2015 

分类号 Q943.2 

关键词 基因组  序列提取  注释提取  生物信息技术 

文摘内容 目前,大量园艺植物基因组测序已经完成或接近尾声,它们的基因组序列和注释数据极大地促进了功能基因组学研究。为给科研人员提供批量下载特定的基因组区段序列和注释平台,笔者开发了一个称为OBRRP的生物信息学工具。OBRRP具有提取葡萄(Vitis vinifera)、桃(Prunuspersica)、草莓(Fragariia vesca)、黄瓜(Cucumissativus)、西瓜(Citrullus lanatus)、番茄(Solanum lycopersicum)、甜橙(Citrus sinensis)、苹果(Malus x domestica)、猕猴桃(Actinidia chinensis)、马铃薯(Solanum tuberosum)、香蕉(Musa acuminata)和拟南芥(Arabidopsis thaliana)12种植物基因组序列及注释数据的功能;同时,也具有扩展到其它Gbrowser浏览器架构的数据库功能。测试结果表明,OBRRP是一个快捷简便的在线、批量和实时提取工具,其登录地址为http://bioinfo.jit.edu.cn/OBRRP/。