穗花杉的转录组测序及其转录组特性分析

编号 zgly0001558557

文献类型 期刊论文

文献题名 穗花杉的转录组测序及其转录组特性分析

作者 王帅  邵芬娟  李论  芦强  邱德有 

作者单位 中国林业科学研究院林业研究所  广西桂林小庐山生态农业发展有限公司 

母体文献 林业科学研究 

年卷期 2017年05期

年份 2017 

分类号 Q943.2  S791 

关键词 穗花杉  转录组  SSR  萜类合成基因  分类 

文摘内容 [目的]通过对红豆杉科穗花杉属的穗花杉进行转录组测序,为穗花杉的萜类合成途径和分类学研究提供支持。[方法]利用Hi Seq2500技术对穗花杉的茎叶进行转录组测序。[结果]穗花杉转录组测序共得到8.14 Gb的clean data。从头组装共获得82 884条unigene,其中有27 495条unigene被注释。此外,在82 884条unigene中共搜索到2 827个SSR位点,单核苷酸重复SSR出现频率最高(60.1%),其次为三核苷酸重复SSR(25.4%)。在穗花杉unigene中挖掘出了1个牦牛儿基焦磷酸合成酶(GPS)、1个法尼烯基焦磷酸合成酶(FPS)和5个牦牛儿基牦牛儿基焦磷酸合成酶(GGPS)的同源基因,同时得到紫杉二烯合成酶(TS)同源基因13个。[结论]发现了20个与萜类合成有关的unigene和2 827个SSR位点,为今后穗花杉萜类生物合成研究,特别是紫杉二烯合成酶编码基因的研究打下了基础,也为该物种系统分类地位及遗传多样性研究提供了新的遗传信息。