十字花科植物SOM基因的鉴定及分析

编号 zgly0001496228

文献类型 期刊论文

文献题名 十字花科植物SOM基因的鉴定及分析

作者 陶鹏  钟新民  李必元  王五宏  岳智臣  雷娟利 

作者单位 浙江省农业科学院蔬菜研究所 

母体文献 分子植物育种 

年卷期 2015年07期

年份 2015 

分类号 Q943.2 

关键词 十字花科  SOM  启动子  进化  基因表达 

文摘内容 SOMNUS(SOM)基因编码一个CCCH型锌指蛋白,是PHYTOCHROME INTERACTING FACTOR3-LIKE5(PIL5)下游的关键负调控因子,参与调控种子的萌发。本研究从十字花科12个物种的全基因组数据库中鉴定了17个SOM基因,其中芸薹属物种白菜、甘蓝和甘蓝型油菜中均包含2个及以上的SOM基因。预测这17个SOM蛋白的等电点和分子量,结果显示La SOM蛋白明显不同于其他的SOM蛋白。氨基酸序列比对显示La SOM蛋白缺失了部分氨基酸序列,但所有的SOM蛋白均包含保守的3个锌指基序,其中2个CCCH型的锌指基序。对这些SOM基因的组织结构进行分析,结果显示:只有La SOM基因存在一个内含子,其他SOM基因均没有内含子,暗示La SOM基因在进化过程中获得了内含子,并导致La SOM蛋白缺失部分序列。启动子分析显示每个SOM基因起始密码子上游1 000 bp的启动子中至少有2个E-box元件。白菜RNA-seq数据显示Br SOM1在根、茎、叶、花和角果中均不表达,仅在胚胎发育阶段的早期子叶胚和成熟胚中有表达。而Br SOM2在根、茎、叶和花中均有表达,Br SOM2在胚胎发育阶段中的表达类似于Br SOM1,只是在表达水平上比Br SOM1低。研究结果可为深入研究SOM基因奠定基础。