黑安格斯牛CEBPA基因的克隆及生物信息学分析

编号 zgly0001733831

文献类型 期刊论文

文献题名 黑安格斯牛CEBPA基因的克隆及生物信息学分析

作者 周子航  封元  王瑜  蒋秋斐  张娟  马正旭  黄增文  冯小芳  郭菊  王影  禹保军  王卫振  顾亚玲 

作者单位 宁夏大学农学院  宁夏畜牧工作站 

母体文献 西北农林科技大学学报(自然科学版 

年卷期 2021,(08)

页码 2-12

年份 2021 

分类号 S823.2 

关键词 肉牛  CEBPA基因  黑安格斯牛  生物信息学  可变剪接体 

文摘内容 [目的]探究宁夏地区黑安格斯牛CEBPA基因编码蛋白的结构与功能,为我国肉牛分子育种提供参考。[方法]以24月龄健康黑安格斯牛背最长肌组织为材料,使用GenBank中公布的牛CEBPA基因序列,对其CDS区设计特异性引物,进行编码区的扩增、基因克隆、测序,并对编码区进行功能生物信息学分析。[结果]黑安格斯牛CEBPA基因编码区长570 bp,编码189个氨基酸;CEBPA基因编码蛋白质无跨膜结构域,含有1个CpG岛,17个磷酸化位点,7个B细胞抗原表位,4个保守结构域,与bZIP_2蛋白存在重叠区域(113～165 aa),为非分泌型不稳定水溶性蛋白;空间结构以α-螺旋为主;CEBPA蛋白主要位于细胞核中,GO注释分析表明,其可能在生物过程中参与转录调节和DNA模板化,在分子功能中与脱氧核糖核酸结合转录因子活性相关,与亚细胞定位结果相符;在黑安格斯牛中未发现CEBPA共表达基因,但与其他有机体存在10个共表达基因;轮廓隐马尔可夫模型的生物序列同源搜索发现,黑安格斯牛CEBPA基因编码氨基酸序列与InterPro蛋白质数据库存在1025条结构相似的同源序列,且主要分布在真核生物中;系统发育进化树分析表明,黑安格斯牛与牦牛的亲缘关系最近。[结论] CEBPA基因编码产物可能在细胞材料中发挥生物学作用,与GO注释和CpG岛分析结果一致,可用于CEBPA蛋白功能的研究。