玉米持绿相关QTL整合图谱构建及一致性QTL区域内候选基因发掘

编号 zgly0001625436

文献类型 期刊论文

文献题名 玉米持绿相关QTL整合图谱构建及一致性QTL区域内候选基因发掘

作者 方永丰  李永生  白江平  慕平  孟亚雄  张金林  王汉宁  尚勋武 

作者单位 甘肃省作物遗传改良与种质创新重点实验室  甘肃省干旱生境作物学重点实验室  甘肃农业大学农学院  兰州大学草地农业科技学院 

母体文献 草业学报 

年卷期 2012年04期

年份 2012 

分类号 S513 

关键词 玉米  持绿性  数量性状位点(QTL)  整合图谱  元分析 

文摘内容 以玉米高密度遗传连锁图谱IBM2 2008Neighbors为参考图谱,收集来自不同实验中的173个玉米持绿相关数量性状位点(quantitative trait locus,QTL)信息,利用BioMercator 2.1软件,构建出玉米持绿相关QTL整合图谱;采用元分析技术,在1,4,5,9号染色体上发掘出5个持绿一致性QTL区间。根据一致性QTL区间两端标记在玉米物理图谱B73RefGen_v2上的位置,将一致性QTL区间进行物理图谱定位,利用Plant GDB(http://www.plantgdb.org/)在线区段批量下载工具(download region data)下载一致性区间的1 445个预测基因序列并进行生物信息学分析,发现预测基因主要参与具体的细胞过程,执行结合功能,催化、转移酶活性和氧化还原酶活性等分子功能。根据一致性QTL区间的基因位点名称,在NCBI中下载相关基因序列,与所在一致性QTL区间所有预测基因保守结构域进行比对,在5个一致性持绿QTL区间内初步确定8个持绿相关候选基因。利用GRAMENE网站(http://www.gramene.org/)的Cmap功能,将水稻持绿基因sgr(stay green)转定位于玉米物理图谱B73RefGen_v2上,找到与其同源的玉米候选基因GRMZM2G091837_T01,其序列与已发表的玉米衰老诱导叶绿体持绿蛋白基因sgr1序列一致。