基于转录组数据开发福建柏EST-SSR标记

编号 zgly0001742936

文献类型 期刊论文

文献题名 基于转录组数据开发福建柏EST-SSR标记

作者 苏顺德 

作者单位 福建省林业科学研究院、国家林业和草原局南方山地用材林培育重点实验室、福建省森林培育与林产品加工利用重点实验室 

母体文献 福建林业科技 

年卷期 2022,49(2)

页码 1-6

年份 2022 

分类号 S791.43  S722.3 

关键词 福建柏  EST-SSR分子标记  遗传多样性 

文摘内容 福建柏是一种优良的材用树种,主要分布于中国东南部至西南部以及越南北部。开发表达序列标签-简单序列重复(Expression sequence tags-simple sequence repeat, EST-SSR)分子标记有利于完善福建柏育种策略。采用转录组测序技术(RNA-seq)进行测序及基于转录组组装的SSR的开发,初步获得109个引物和12个EST-SSR多态性标记。从3个种群的57个福建柏个体中鉴定的等位基因数目为2~8个。观测杂合度(Ho)和期望杂合度(He)的范围分别在0~1和0.051~0.775之间,均值分别为0.277和0.420等位基因多态性信息含量的范围在0.139~0.784之间,平均为0.482。实验结果提供了一套可用于监测福建柏种群动态以及发展育种和遗传保护措施的微卫星标记。