基于Illumina高通量测序的马来熊(Helarctos malayanus)粪便菌群多样性初探

编号 zgly0001682812

文献类型 期刊论文

文献题名 基于Illumina高通量测序的马来熊(Helarctos malayanus)粪便菌群多样性初探

作者 袁耀华  刘群秀  裴恩乐 

作者单位 上海动物园 

母体文献 野生动物学报 

年卷期 2019年04期

年份 2019 

分类号 S865.31 

关键词 马来熊  粪便菌群  Illumina测序  Miseq 

文摘内容 应用新一代高通量测序技术Illumina Miseq对上海动物园3只马来熊的12个粪便样本中的菌群结构及其多样性进行检测和分析。样中共检测到884 522条序列,共检测到15个菌门,主要有7个优势菌门,按照多样性高低依次是:厚壁菌门(Firmicutes)(54. 70%)、变形菌门(Proteobacteria)(41. 90%)、梭杆菌门(Fusobacteria)(1. 80%)、蓝藻菌门(Cyanobacteria)(0. 70%)、放线菌门(Actinobacteria)(0. 20%)、拟杆菌门(Bacteroidetes)和未定门(TM7)。粪便样本中能够确定到菌属的序列占73. 10%,以链球菌属(Streptococcus),大肠杆菌/志贺菌属(Escherichia-Shigella)和梭状杆菌属(Clostridium)为优势菌属。3只马来熊粪便菌群多样性比较:LS02粪便菌群多样性最高,其次是LS01,和LS03。结论:马来熊粪便菌群存在个体差异,但同一个体的优势菌群组成非常相似,年龄和性别可能会对马来熊粪便菌群产生影响。