泡桐的microRNAs及其功能预测

编号 zgly0000817403

文献类型 期刊论文

文献题名 泡桐的microRNAs及其功能预测

作者 牛苏燕  范国强  赵振利  邓敏捷  董焱鹏 

作者单位 河南农业大学 

母体文献 林业科学 

年卷期 2013(11)

页码 77-82

年份 2013 

分类号 S718.46 

关键词 泡桐  microRNA  高通量测序  功能分析 

文摘内容 以不同种(品种)泡桐叶片为材料, 利用第二代高通量测序技术和生物信息学方法构建泡桐小RNA(sRNA)文库, 并对其microRNA(miRNA)靶基因功能进行分析。结果表明: 在得到的87066707条高质量reads中, 能与泡桐转录组完全匹配的有41399208条, 占高质量序列的47.55%。sRNA长度主要分布在20—25nt之间, 其中, 长度为24nt的数量最多, 其次为21nt的sRNA。鉴定出的44个保守miRNA分属于14个不同miRNA家族, 并且不同miRNA家族的miRNA成员数量也存在差异。对鉴定出的27个新miRNA进行靶基因预测及功能分析, 结果为阐明miRNAs在泡桐生长发育过程中的作用奠定基础。