核果类果树中microRNAs的生物信息学预测及验证

编号 zgly0000786656

文献类型 期刊论文

文献题名 核果类果树中microRNAs的生物信息学预测及验证

学科分类 220.1520;林木遗传学

作者 罗晓燕  侍婷  蔡斌  高志红 

作者单位 南京农业大学园艺学院 

母体文献 林业科学 

年卷期 2012,48(2)

页码 75-81

年份 2012 

分类号 S718.46 Q943.2 

关键词 microRNA  生物信息学预测  李属  核果类果树  表达序列标签  基因组勘测序列 

文摘内容 microRNA(miRNAs)是一类非编码小分子RNA,在植物生长发育、新陈代谢以及逆境生理中起重要作用。基于生物信息学的基因搜索和同源搜索,从NCBI数据库中登录的核果类果树的EST和GSS中寻找miRNAs。从核果类果树的107982条ESTs和48273条GSSs中搜寻到了11条miRNAs前体序列,编码11条成熟体序列,并预测到19个靶基因,分别编码与生长发育、新陈代谢和转录调节等相关的蛋白。利用miRbase数据库进一步分析表明: 11条miRNAs属于8个microRNA家族,分别来自桃和梅,其大小为20～23bp,其中6条为21bp,而且ppe-miR162a和ppe-miR164f保守性最高。采用poly(A)RT-PCR方法随机对预测的ppe-miR156h,pmu-miR482,ppe-miR399a,ppe-miR171a进行组织表达验证,发现ppe-miR156h在果梅花芽中表达,pmu-miR482,ppe-miR399a,ppe-miR171a在桃叶片中表达。