32种果树microRNA的生物信息学预测与分析

编号 zgly0001380126

文献类型 期刊论文

文献题名 32种果树microRNA的生物信息学预测与分析

作者 宋长年  贾启东  王晨  李飞  章镇  房经贵 

作者单位 南京农业大学园艺学院  南京农业大学植物保护学院 

母体文献 园艺学报 

年卷期 2010年06期

年份 2010 

分类号 S66 

关键词 microRNA  生物信息学预测  果树  EST 

文摘内容 通过生物信息学预测miRNA的方法,采用基于生物信息学的基因搜索和同源搜索的方法成功地从NCBI数据库中登录的32种果树的EST中寻找miRNAs。从32种果树的774400条ESTs中找到了110条miRNA前体序列,编码116条成熟体序列。利用miRbase数据库进一步分析,结果表明116个miRNAs属于45个miRNA家族,其中有7个保守的miRNA家族中的miRNA个数在5以上,20个miRNA家族的miRNA个数在2～4,有18个miRNA家族的miRNA数量为1个。在柑橘、苹果、香蕉、猕猴桃和桃等果树中分别发现28、16、13、11和10个miRNAs。果树中miRNA的序列比较发现,相同家族的miRNA的序列存在一定水平的差异,其中碱基的变化包括相似频率的颠换与转换。