麻风树EST-SSR的筛选和分析

编号 zgly0000679899

文献类型 期刊论文

文献题名 麻风树EST-SSR的筛选和分析

学科分类 220.1520;林木遗传学

作者 林元震  郭海  刘纯鑫  黄少伟  彭昌操  陈晓阳 

作者单位 华南农业大学热带亚热带林业生物技术实验室  水利部水土保持植物中心 

母体文献 安徽农业科学 

年卷期 2010(11)

页码 5551-5552

年份 2010 

分类号 S718.46 

关键词 麻风树  EST-SSR 

文摘内容 [目的]开发麻风树EST-SSR标记,为遗传多样性分析、种质资源鉴定等研究提供理论依据。[方法]以麻风树EST序列为材料,运用CAP3软件对EST序列进行组装后,再运用SSRIT软件进行EST-SSR标记的预测。[结果]麻风树13193条EST序列经组装后获得6281个UniGene,其中1367个Contig,4914个Singleton。利用SSRIT在线软件对UniGene分析得到206条EST-SSR。拼接后的Unigene含有SSR位点的频率为3.28%,麻风树EST-SSR的发生频率为1/29kb。这些EST重复基元中,三核苷酸重复和二核苷酸重复最多,分别占24.76%和21.84%;五、六核苷酸重复次之,分别占16.50%、20.39%;单、四核苷酸的重复基序最少,分别占9.71%和6.80%。在所有的核苷酸重复基序中,二核苷酸重复序列AG所占比例最高,约占12.62%;三核苷酸重复序列中,所占比例最高的是AAT和AAG,各占6.80%、6.31%。[结论]上述结果对于开展麻风树分子辅助育种研究具有一定的指导意义。