鳞翅目基因组IIB型内切酶位点的统计分析

编号 zgly0001643560

文献类型 期刊论文

文献题名 鳞翅目基因组IIB型内切酶位点的统计分析

作者 陈大嵩  韩诗畴  戴建青 

作者单位 广东省生物资源应用研究所广东省动物保护与资源利用重点实验室广东省野生动物保护与利用公共实验室 

母体文献 环境昆虫学报 

年卷期 2018年04期

年份 2018 

分类号 Q963 

关键词 鳞翅目  IIB型内切酶  基因组  预测  统计 

文摘内容 IIB型限制内切酶能够识别并切割特异酶切位点两端特定距离的DNA,形成粘性末端的30 bp左右的等长DNA片段。利用其特性与限制性酶切位点关联测序技术(RAD)相结合发展出2b-RAD简化基因组测序技术,应用于遗传图谱构建、种群遗传结构分析、性状定位以及细菌分型等多种研究领域。构建2b-RAD测序文库之前,需要对基因组中的IIB型限制内切酶位点进行预测与统计分析,制定有效的测序文库构建方案。本文利用Python语言构建分析基因组中IIB型限制内切酶位点的流程,预测并统计6个鳞翅目代表物种基因组含有的8个商业化IIB型限制内切酶的酶切位点,比较了各个基因组与IIB型限制内切酶之间含有的酶切位点总量、重复序列数量以及酶切间隔长度的关系,为在昆虫基因组中进一步试行2b-RAD研究提供了参考。