几种植物花分生组织决定基因APETALA1密码子使用模式比较

编号 zgly0001565530

文献类型 期刊论文

文献题名 几种植物花分生组织决定基因APETALA1密码子使用模式比较

作者 吴彦庆  李志远  赵大球  陶俊 

作者单位 扬州大学动物科学与技术学院  扬州大学园艺与植物保护学院江苏省作物遗传生理重点实验室 

母体文献 园艺学报 

年卷期 2017年03期

年份 2017 

分类号 Q943.2 

关键词 APETALA1  植物  密码子使用偏好性  碱基组成动力学 

文摘内容 为了揭示花分生组织决定基因AP1(APETALA1)的分子机制以及物种间的进化关系,从GenBank数据库挑选8个不同植物AP1基因编码序列,利用R软件分别计算GC含量、有效密码子数(Effective number of codons,ENC)、同义密码子相对使用度(Relative synonymous codon usage,RSCU)、相对密码子使用偏好性(Relative codon usage bias,RCBS)等参数,分析比较不同植物AP1基因密码子使用模式中密码子偏好性和碱基组成动力学。结果表明,不同植物AP1基因密码子使用受到GC偏好性(GCbias)影响,特别是GC3s;大多数最优密码子偏好使用以A/U结尾,其中不同植物AP1基因中ACA、AUA和CAG均表现为较高的RSCU值,为最优势密码子;芍药(Paeonia lactiflora)和牡丹(Paeonia suffruticosa)AP1基因的密码子使用特点相似,碧桃(Prunus persica)和苹果(Malus×domestica)相似;较低的最优密码子频率Fop值和较高的ENC值暗示了不同植物AP1基因在密码子使用中具有一个较弱的偏好性。