萝卜叶绿体及线粒体基因组测序与组装

编号 zgly0001496103

文献类型 期刊论文

文献题名 萝卜叶绿体及线粒体基因组测序与组装

作者 段乃彬  王俊峰  白静  谢坤  王效睦 

作者单位 山东省农业科学院农作物种质资源中心 

母体文献 分子植物育种 

年卷期 2015年11期

年份 2015 

分类号 S631.1 

关键词 萝卜  线粒体  叶绿体  基因组  测序与组装  Kmer分析 

文摘内容 为从分子水平上探讨萝卜雄性不育机理及育性恢复关系,本研究对4个萝卜雄性不育系及1个雄性不育保持系材料进行了线粒体及叶绿体的基因组测序、组装。测序采用PE90策略,获得Cleandata 1.2 G。通过数据过滤、计算测序深度及Kmer频度分析,确定了组装的mer值及覆盖度参数。我们先用Cleandata组装叶绿体基因组,再用过滤的数据组装线粒体基因组,最后利用Sanger测序填补Gap得到各基因组全长。结果表明参试样品萝卜叶绿体基因组长度在153 352~153 445 bp之间,线粒体基因组长度在239 696~258 853 bp之间,均包括1个LSC,1个SSC及1对反向重复序列。基因注释结果表明叶绿体基因组编码了87个蛋白基因、20个t RNA基因及4个r RNA基因,线粒体基因组则编码了82个蛋白基因,17个t RNA基因及3个r RNA基因。